Tantangan abad 21 perlu dijawab dengan menyiapkan sumber daya manusia yang mumpuni. Guru memiliki peran yang sangat penting dalam menjawab tantangan tersebut melalui pembelajaran HOTS yang sudah tercakup dalam Kurikulum 2013. Hasil analisis kebutuhan di enam SMA di Yogyakarta menemukan bahwa guru biologi masih membutuhkan bantuan pengembangan soal HOTS. Kebutuhan pengembangan alat evaluasi tersebut salah satunya pada materi virus. Guna mengikuti kemajuan teknologi terkini, pengembangan tersebut perlu berbasis aplikasi. Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan soal HOTS berbasis aplikasi Nearpod pada materi virus dan mengetahui tingkat kelayakannya. Metode penelitian menerapkan Research and Development model Sugiyono yang dilakukan hingga tahap revisi desain. Hasil penelitian ini berupa 30 soal HOTS berupa pilihan ganda dan lima pilihan jawaban. Soal-soal tersebut diintegrasikan pada aplikasi Nearpod. Hasil validasi, menunjukkan nilai persentase rata-rata untuk media dan pengembangan soal secara berturut-turut adalah 93,1% dan 94,1%. Penelitian ini menyimpulkan bahwa soal HOTS berbasis aplikasi Nearpod memperoleh kriteria sangat layak dan dapat diujicobakan pada skala terbatas dengan perbaikan sesuai saran validator.