Provinsi Nusa Tenggara Timur menempati peringkat terendah keempat di Indonesia untuk rata-rata pendidikannya. Hal ini dikarenakan kesenjangan pemerataan pendidikan. Untuk itu perlu dilakukan pengelompokan Sekolah Menengah Pertama di Provinsi Nusa Tenggara Timur menggunakan data Nilai Ujian Nasional untuk melihat peta mutu pendidikan.Metode Hierarchical K-Means Clustering dipilih guna menyelesaikan masalah dalam penelitian yang dilakukan. K-Means merupakan salah satu metode Clustering yang memiliki kemampuan mengelompokan data relatif cepat, namun memiliki kesulitan dalam menentukan Centroid awalnya. Maka fungsi dari metode Hierarchical ini untuk membantu memecahkan masalah penentuan Centroid awal dari metode K-Means. Data Nilai Ujian Nasional yang digunakan memiliki atribut nilai Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, Matematika, IPA, dan Rerata Nilai. Dengan menggunakan evaluasi Silhouette Coefficient untuk melakukan uji evaluasi terhadap metode Hierarchical K-Means Clustering. Hasil penelitian menunjukan bahwa evaluasi terbaik berada di cluster 2 dengan nilai Silhouette Coefficient sebesar 0,5514 yang merupakan struktur terbaik dari berbagai percobaan.